Indonesia Pengguna Pestisida Terbesar ke-3 Dunia, Riset Soal Dampaknya Masih Minim

Salah satu cabang ilmu untuk mempelajari paparan kimia pada makhluk hidup adalah ecotoxicogenomics yang pertama kali diperkenalkan pada 2004. Ilmu ini menggabungkan konsep ecotoxicology and toxicogenomics.

Ecotoxicology mempelajari pengaruh bahan kimia pada makhluk hidup dari tingkat organisme hingga ekosistem. Sementara toxicogenomics mempelajari ekspresi gen pada kondisi paparan bahan kimia beracun atau berbahaya.

Jadi ecotoxicogenomics mempelajari bagaimana paparan bahan kimia akan mempengaruhi profil ekspresi gen dan protein pada organisme (khususnya organisme non-target, yaitu organisme yang bukan jadi sasaran), terutama yang berkaitan dengan penilaian risiko lingkungan.

Aplikasi ilmu ini membutuhkan beberapa hal seperti ketersediaan info genom dan protein dari organisme yang akan dipelajari. Sebagai contoh, kita ingin melihat bagaimana efek cemaran herbisida jenis atrazine pada ekspresi gen, maka kita dapat memberi paparan bahan kimia pada satu jenis organisme, mengisolasi messenger RNA (mRNA) dari organisme terpapar, dan mengurutkan RNA atau RNA sequencing (RNA-seq).

Hasil dari RNA-seq merupakan potongan-potongan bacaan sequence dengan jumlah data yang sangat besar. Potongan bacaan sequence ini lalu kita sejajarkan pada template informasi genom yang telah tersedia, sehingga kita bisa mengetahui gen apa yang terekspresi lebih banyak.
Halaman Selanjutnya....